Агенцијата за регулирање на железничкиот сектор е основана за обезбедување транспарентно и недискриминирачко работење на телата и институциите поврзани со работењето на железницата, како и другите учесници кои обезбедуваат услуги во железничкиот јавен превоз и функционирање на железничкиот сектор во Република Северна Македонија.
Агенцијата ги извршува работите од својот делокруг во согласност со Законот за железничкиот систем (во понатамошниот текст: Законот) и Статутот на Агенцијата. Во својата работа и при донесување на одлуки во рамките на своите овластувања, Агенцијата е независна од други државни органи или други јавни правни лица или трговски друштва што вршат дејност од областа на железничките услуги.

Агенцијата за остварување на надлежностите од својот делокруг, согласно Законот за железничкиот систем, е надлежна:
• За дефинирање и контрола над критериумите за квалитет на железничките услуги дадени од превозниците и управителите на инфраструктура
• Да врши мониторинг за почитување на правата на патниците
• Да обезбеди дека надоместокот за пристап до инфраструктурата утврден од управителот на инфраструктурата е недискриминаторски, согласно Законот за железничкиот систем;
• Да презема мерки за спречување на неправично и дискриминаторско однесување на управителот на инфраструктурата и секој превозник или барател за доделување на инфраструктурен капацитет;
• Да презема мерки за спречување на неправично и дискриминаторско однесување меѓу два или повеќе превозника при давањето на услуги во железничкиот превоз;
• Да презема мерки при неправично и дискриминаторско применување на објавата на мрежа и рамковните договори;
• За одобрување на наплата на надоместок во случај на заситена инфраструктура, ако планот за капацитети не може да се реализира или понудените решенија се неекономични и финансиски неисплатливи;
• За контрола на пристап и користење на објекти и стабилни постројки со кои не управува управителот на инфраструктурата, а кои се регулираат со договор меѓу давател на услуга и еден или повеќе превозници;
• Да издава дозволи за вршење јавен железнички превоз;
• Да издава дозволи за вршење превоз за сопствени потреби;
• Да издава дозволи за управување со железничката инфраструктура;
• Да донесува и спроведува подзаконски акти врз основа на Законот;
• Да води управни постапки и донесува одлуки во управна постапка согласно со одредбите на Законот за железничкиот систем и Законот за општата управна постапка;
• Да дава мислење и учествува при подготовка на закони, прописи и други акти што се однесуваат на железничките услуги, како и при склучувањето, односно пристапувањето на Република Северна Македонија кон меѓународни договори од областа на железниците;
• Да води регистар за издадени, поништени, повлечени дозволи за вршење на јавен железнички превоз издадени на превозник и дозволи за управување со железничка инфраструктура издадени на управител на инфраструктура;
• Да го набљудува железничкиот пазар со цел да ја анализира конкуренцијата меѓу различните видови превоз и
• Да врши мониторинг на конкуренцијата на пазарот на железнички услуги, вклучувајќи го и пазарот за превоз на стока по железница.